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Le philosophe propose la méthode à laquelle il entend se conformer. Après avoir confié la conduite de sa vie à une morale provisoire, il se soumet à l'épreuve d'un doute radical, auquel seule s'avère résister l'existence du sujet comme pure pensée. Sur cette base, il prouve l'existence de Dieu, s'assure de la vérité des mathématiques et anticipe une possible maîtrise de la nature.
«Mais, aussitôt après je pris garde que, pendant que je voulais ainsi penser que tout était faux, il fallait nécessairement que moi, qui le pensais, fusse quelque chose. Et remarquant que cette vérité : je pense, donc je suis, était si ferme et si assurée que toutes les plus extravagantes suppositions des sceptiques n'étaient pas capables de l'ébranler, je jugeai que je pouvais la recevoir sans scrupule pour le premier principe de la philosophie.». Partant du constat qu'il n'est en rien certain de la validité de ses connaissances, Descartes décide d'adopter l'exercice intellectuel du doute. Faisant ainsi table rase de tout savoir, il espère acquérir la certitude de quelques vérités sur lesquelles fonder la science..