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Récit, jour après jour, du périple du jeune naturaliste autour du monde à bord du trois-mâts barque d'exploration : le Beagle. Du 24 octobre 1831 au 2 octobre 1836, le futur réformateur de l'histoire naturelle acquiert une provision d'observations, de connaissances et de doutes pour élaborer ses futures théories. L'ensemble est accompagné d'une importante préface et d'annexes.
Traduit ici en français pour la première fois, le Journal de bord (Diary) de Charles Darwin est le premier document, demeuré longtemps inédit, qui relate, jour après jour, le voyage du jeune naturaliste autour du monde à bord du trois-mâts barque d'exploration le Beagle. Commencé le lundi 24 octobre 1831 à Plymouth, ce récit s'achèvera, presque cinq ans plus tard, le dimanche 2 octobre 1836 à Falmouth, après un périple au cours duquel le futur réformateur de l'histoire naturelle et auteur de la théorie de la filiation des espèces expliquée par la sélection naturelle aura acquis une provision de spécimens, d'observations, de connaissances positives et de doutes qui constituera le socle et le ferment de sa grande théorie phylogénétique.
Matrice du futur Journal de recherches (le fameux Voyage d'un naturaliste autour du monde) qui paraîtra en 1839, le Journal de bord est en premier lieu le récit de cette navigation, tour à tour éprouvante et émerveillée, et de son alternance avec les longues expéditions terrestres (Cap-Vert, Brésil, Uruguay, Argentine, Chili continental et Terre de Feu, Falkland, Chiloé, Galapagos, Tahiti, Nouvelle-Zélande, Australie, Tasmanie, îles Keeling, île Maurice, Cap de Bonne-Espérance, Sainte-Hélène, Ascension, Açores) qui furent pour Darwin l'occasion d'étudier tout ce qui, depuis la géologie, essentielle à ses yeux, jusqu'aux hommes, le conduira à douter de la véridicité de la Bible et du bien-fondé de son autorité sur l'enseignement des sciences de la terre et de la vie.
La vibrante condamnation de l'impardonnable barbarie de l'esclavage et du progressif anéantissement des peuples autochtones est l'une des grandes leçons morales du Journal de bord. Dans une longue préface et des annexes soucieuses de compléter et de rectifier parfois les données avancées par les sources anglo-saxonnes, Patrick Tort, poursuivant un dialogue depuis longtemps amorcé avec le commandant de marine Claude Rouquette, montre comment le jeune Darwin, au cours de son immense voyage de découverte, affermit déjà les bases de ce qui forgera plus tard chez lui, notamment dans La Filiation de l'Homme, la notion cruciale de « civilisation ».